Javier Vásconez estudió en España y posteriormente en París.

En 1982 publicó Ciudad lejana y en 1983 ganó la Primera Mención de la revista Plural de México con Angelote, amor mío. Su obra comprende los cuentos de El hombre de la mirada oblicua (1989); la novela El viajero de Praga (1996), la cual obtuvo un gran reconocimiento tanto en Hispanoamérica como en Europa. Ese mismo año publicó la nouvelle El secreto, seguida en 1999 de La sombra del apostador, finalista del Premio Rómulo Gallegos. En 2004 los cuentos de Invitados de honor; las novelas El retorno de las moscasy Jardín Capelo. En 2010 publicó El viajero de Praga con prólogo de Juan Villoro y La piel del miedo(finalista Rómulo Gallegos). En 2012 aparece una edición bilingüe de El secreto en francés y español y se publicó Jardín Capelo en turco. En 2012 publica La otra muerte del doctor.

En 2016 Pre-Textos editó Hoteles del silencio y Fondo de Cultura Económica de México, Novelas a la sombra, con prólogo de Christopher Domínguez. En 2017 Pre-Textos publicó la edición definitiva de El viajero de Praga. En 2018 aparece Cuentos reunidos con prólogo de Pedro Ángel Palou en la Universidad San Francisco de Quito. En 2020 se publicó en Pre-Textos, Casi de noche, su antología de cuentos con prólogo de Juan Marqués, y en 2021, El coleccionista de sombras y Angelote, amor mío.